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Puedes iniciar instalando la versión de desarrollo de sivirep desde GitHub con los siguientes comandos:

install.packages("pak")
pak::pak("epiverse-trace/sivirep")

Después de la instalación de sivirep, puedes comenzar importando el paquete a través del siguiente comando:

Enfermedades disponibles para su descarga

Puedes revisar las enfermedades y los años disponibles de forma libre utilizando:

lista_eventos <- list_events()
knitr::kable(lista_eventos)
enfermedad aa
1 Accidente Ofídico 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
2 Agresiones Por Animales Potencialmente Transmisores De Rabia 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
3 Anomalías Congénitas 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
4 Bajo Peso Al Nacer 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
5 Cáncer De La Mama Y Cuello Uterino 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021
6 Cáncer Infantil 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
7 Chagas 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
8 Chikunguya 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
9 Dengue 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
10 Dengue Grave 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
11 Esi - Irag (Vigilancia Centinela) 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
12 Evento Adverso Grave Posterior A La Vacunación 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
13 Exposición A Flúor 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019
14 Fiebre Amarilla 2007, 2008, 2009, 2013, 2016, 2018
15 Fiebre Tifoidea Y Paratifoidea 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
16 Hepatitis A 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
17 Hepatitis B, C Y Coinfección Hepatitis B Y Delta 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
18 Hepatitis C 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
19 Hipotiroidismo Congénito 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
20 Infección Respiratoria Aguda Grave Irag Inusitada 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
67 Intento De Suicidio
21 Intoxicación Por Gases 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
22 Intoxicación Por Medicamentos 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
23 Intoxicación Por Metales Pesados 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
24 Intoxicación Por Metanol 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
25 Intoxicación Por Otras Sustancias Químicas 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
26 Intoxicación Por Plaguicidas 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
27 Intoxicación Por Solventes 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
28 Intoxicación Por Sustancias Psicoactivas 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
29 Leishmaniasis Cutánea 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
30 Leishmaniasis Mucosa 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
31 Leishmaniasis Visceral 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
32 Lepra 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
33 Leptospirosis 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
34 Lesiones Por Pólvora Y Explosivos 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014
35 Leucemia Aguda Pediátrica Linfoide 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
36 Leucemia Aguda Pediátrica Mieloide 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
66 Malaria
37 Malaria Asociada (Formas Mixtas) 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
38 Malaria Complicada 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
39 Malaria Falciparum 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
40 Malaria Vivax 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
41 Meningitis Meningocócica 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
42 Meningitis Por Haemophilus Influenzae 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
43 Meningitis Por Neumococo 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
44 Meningitis Tuberculosa 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
45 Morbilidad Por Eda 2013, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
46 Morbilidad Por Ira 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
47 Mortalidad Materna 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
48 Mortalidad Perinatal Y Neonatal Tardía 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
49 Mortalidad Por Dengue 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
50 Mortalidad Por Desnutrición 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
51 Mortalidad Por Eda 0-4 Años 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
52 Mortalidad Por Ira 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
53 Mortalidad Por Malaria 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
54 Parotiditis 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
55 Rabia Humana 2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2015, 2016, 2017, 2020
56 Sarampión 2011, 2012, 2013, 2015, 2018, 2019, 2020
57 Tétanos Accidental 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
58 Tétanos Neonatal 2007, 2008, 2009, 2010, 2012, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
59 Tos Ferina 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
60 Tracoma 2017, 2018, 2019, 2022
61 Tuberculosis Extra Pulmonar 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
62 Tuberculosis Farmacorresistente 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
63 Tuberculosis Pulmonar 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
64 Varicela Individual 2007, 2008, 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
65 Vigilancia En Salud Pública De La Violencia De Género E Intrafamiliar 2012, 2013, 2014, 2015, 2016, 2017, 2018, 2019, 2020, 2021, 2022
68 Zika

Reporte automatizado

Actualmente, sivirep provee una plantilla de reporte llamada Reporte Básico {sivirep}, la cual recibe los siguientes parámetros de entrada: el nombre de la enfermedad, el año, el nombre de departamento (opcional) y nombre del municipio (opcional) para descargar los datos de la fuente de SIVIGILA.

Para hacer uso de la plantilla del reporte puedes seguir los siguientes pasos:

El reporte que obtendrás al utilizar la plantilla de sivirep es este:

Si deseas generar el reporte en formato PDF debes instalar LateX. Puedes instalarlo siguiendo las instrucciones que se encuentran en R Markdown Cookbook:

Para obtener más detalles sobre plantillas y reportes genéricos de R Markdown, por favor consulta R Markdown templates.